Ele foi indicado pela bancada do Republicanos no Congresso e amplia o poder do partido no Ministério da Agricultura. Em junho, a legenda emplacou o ex-deputado de Tocantins César Halum como Secretário de Política Agrícola na vaga de Eduardo Sampaio Marques, exonerado, mas que permaneceu como assessor especial da ministra da Agricultura, Tereza Cristina.

"Ele (Melo Júnior) é um nome técnico, muito bem preparado que passou por todas as análises do governo federal", disse o líder do partido na Câmara, Jhonatan de Jesus (RR), ao Broadcast Político.

A decisão política, no entanto, desagradou a equipe técnica da estatal. Segundo fontes da companhia, a despedida de Bastos da equipe foi feita online, já que o então presidente estava em São Paulo.

O ex-secretário de Agricultura de São Paulo Xico Graziano, um dos líderes do setor, foi um dos primeiros a criticar a troca no Twitter. "Picaretagem da grossa. Conab trocou um expert (Guilherme Bastos, agrônomo da UFV Universidade Federal de Viçosa, PG pós-graduação na ESALQ e Maryland) por um fulano qualquer indicado pelo pastor Marcos Pereira. Bolsonaro alimenta o mecanismo. Repete o que mais criticava. Traidor", escreveu citando o nome do presidente do Republicanos, Marcos Pereira.