O processo de julgamento dos contratos e convênios suspeitos relacionados às obras nos municípios do Alto Solimões está nas mãos do  conselheiro do Tribunal de Contas do Estado (TCE), Júlio Assis Corrêa Pinheiro, que pediu vistas do processo. Uma inspeção extraordinária foi sugerida pelo Ministério Público de Contas (MPC), para subsidiar o julgamento, na justiça comum, informações aguardadas pelo juiz responsável pelo caso, na 3ª. Vara da Fazenda Pública Estadual, Everaldo da Silva Lira.

Por meio do Parecer nº 4458/2012, o Ministério Público de Contas concordou com a Comissão Técnica do TCE opinando pela aplicação de multas aos responsáveis pelas irregularidades relacionadas no convênio, 23/2007 firmado entre a Seinfra e o Consórcio Intermunicipal – Sociedade Civil de Desenvolvimento Integrado e Sustentável da Mesorregião do Alto Solimões, entretanto faz algumas ressalvas em relação aos réus no processo.

O auditor Mário José de Moraes Costa Filho, que foi relator do processo, concordou com a sugestão da Comissão de Inspeção do TCE, ou seja, pela devolução do valor que não foi aplicado em obras nos municípios do Alto Solimões, mas  concordou parcialmente com a opinião do  procurador do Ministério Público Junto ao Tribunal  de Contas, João Barroso de Souza, de acordo com o Parecer nº 4458/2012-MP-JBS.