O jornal Folha de São Paulo noticiou, em 2017, que gravações da La Muralla mostravam que o coronel  Bonates, indicado por Wilson Lima para a Secretaria de Segurança Pública do Amazonas,  atuou como o responsável por negociar um “acordo de paz” nas cadeias em 2015 com líderes de facção. O MPF informou que encaminhou a informação ao MP-AM, e a denúncia está em fase de investigação

Outro caso em que o comandante da SSP-AM se viu envolvido em polêmica foi, em 2016, com a descoberta pelo Exército da existência de uma suíte equipada para o acusado de tráfico internacional, José Roberto Barbosa, o “Zé Roberto da Compensa”, no presídio.
A suíte foi construída dentro do Complexo Penitenciário Anísio Jobim (Compaj), no km 8 da BR-174, quando Bonates era secretário de Administração Penitenciária (Seap), em 2016. Ele pediu exoneração semanas depois da descoberta, e a suíte foi demolida.

Apesar de Bonates não ter sido condenado em operações policiais, os agentes da PF e membros dos dois Ministérios Públicos dão evidências de desconforto em trabalhar ao lado do coronel e de sua equipe nas ações de Segurança do governo.  

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Crimes militares

Para agravar a relação institucional entre membros de órgãos fiscalizadores e a SSP-AM de Wilson Lima, o comandante-geral da PM, coronel Ayrton Ferreira do Norte, responde a crimes militares, segundo informações do Tribunal de Justiça do Amazonas (TJ-AM).
Durante a nomeação de Norte, o governador justificou a decisão pela escolha do nome do militar, dizendo que os processos que ele tem na Justiça ainda não estão “transitado em julgado.” 

Operações inócuas

Nos corredores da PF, agentes e delegados avaliam as que as operações realizadas pela SSP-AM não causam grandes prejuízos às facções. De acordo com releases enviados pela SSP-AM, de janeiro a março, a secretaria deflagrou seis operações policiais, e prendeu dezenas de pessoas.

A estratégia das operações de, essencialmente, combater “bocas de fumo”, segundo os órgãos fiscalizadores, não enfraquece financeiramente e nem a logística o crime organizado na capital e interior, uma vez que prende o pequeno “revendedor” da droga misturada e não o ‘fornecedor” do entorpecente puro, nas fronteiras.