Mas Nascimento não goza mais da confiança da presidente, que mandou demitir seus principais assessores no Ministério, acusados de superfaturar obras e cobrar propina, dinheiro que seria destinado a fortalecer eleitoralmente o PR, segundo denúncias da revista Veja.
As denúncias contra Alfredo começaram com o governador do Ceará, Cid Gomes, que havia investido contra a administração das estradas federais no Ceará. De Sobral, Cid classificou o ministério de "antro de corrupção" e mandou recado para o Alfredo: "inepto, incompetente e desonesto".
No Palacio do Planalto a informação é de que a presidente colocou Alfredo numa lista negra e as denúncias contra o ministério dos Transportes levaram Alfredo Nascimento ao topo. Outros ministros que poderão cair são Pedro Novais (Turismo), Afonso Florence (Desenvolvimento Agrário), Fernando Haddad (Educação), Moreira Franco (SAE), Ana de Hollanda (Cultura) e Luiz Sérgio (Pesca).

