Os últimos 12 meses de atuação do Ministério Público Federal no Amazonas na defesa dos direitos dos povos indígenas que vivem no Estado foram marcados por importantes feitos e conquistas que deram destaque ao tema: mais de 50 inquéritos civis públicos foram instaurados para apurar ou acompanhar situações referentes aos direitos dos índios; seis ações civis públicas foram ajuizadas para defender esses direitos; diversas recomendações foram expedidas e importantes decisões judiciais favoráveis a pedidos do MPF foram concedidas pela Justiça.
 
Em novembro de 2012, o Amazonas sediou o 2º Encontro Regional da 6ª Câmara de Coordenação e Revisão do Ministério Público Federal, que reuniu cerca de 30 procuradores da República do Norte e Nordeste do País. A partir do evento, foram definidas prioridades e estratégias de atuação coordenada do MPF em todo o Brasil referente à situação da saúde indígena e a problemática da demarcação e proteção das terras indígenas, que estão reunidas na carta de compromissos assinada pelos participantes.
 
Na defesa das terras indígenas, o MPF obteve na Justiça, ainda em novembro de 2012, decisão liminar favorável para garantir a retirada de ocupantes irregulares de terras vizinhas à aldeia São Paulino, nas margens do rio Purus e habitada por indígenas da etnia Jaminawa, em Boca do Acre. No início de 2012, o órgão também instaurou inquérito para apurar existência de não indígenas explorando terras dentro da Terra Indígena Rio Urubu, no município de Itacoatiara.
 
A educação escolar indígena também se tornou objeto de investigação pelo MPF/AM no ano passado. Indícios de irregularidades em escola no município de Iranduba, destinada à comunidade indígena Sahu-Apé, levaram à instauração de inquérito civil público para apurar denúncia sobre falta de materiais básicos de cozinha e descaso com contratos de trabalho de professores indígenas.