No ano de 2008, durante participação no Programa Roda Viva, da TVE, o então  governador Eduardo Braga se defendeu das acusações de que teria pago por "obras fantasmas" na região do Alto Solimões. Invocando o que chamou de “direito de resposta”, exigiu a realização de uma entrevista na qual responderia as críticas feitas, o que ocorreu sem a presença dos jornalistas que fizeram os questionamentos.

Segundo Braga, as denúncias estavam sendo apuradas pelo Ministério Público Estadual (MPE) e pelo Tribunal de Contas do Estado (TCE). Ele disse ter um relatório mostrando que “todas as obras no Alto Solimões foram devidamente concluídas. Nosso governo tem falhas, mas não tem dolo", afirmou ele, prometendo processar os repórteres que teriam levantado "suspeitas infundadas" sobre sua honra. 

Já o ex-secretário da Seinfra, Marco Aurélio de Mendonça, alegou que não deveria entre os citados no processo, uma vez que não efetuou pagamentos indevidos à empresa responsável pela execução das obras. Isto é, teria apenas repassado recursos públicos ao Consórcio Intermunicipal visando atender objetivos em comum.

 O conselheiro Mário José de Moraes Costa Filho contesta a defesa do ex-secretário sob a justificativa de que cabe ao administrador público a responsabilidade de zelar pela boa aplicação do dinheiro público, bem como prestar contas no sentido de justificar todos os atos administrativos os quais implicam reflexos nos bens. Em defesa apresentada por José Almeida de Oliveira, à época presidente da Comissão Especial de Licitação que gerenciou o trabalho referente a concorrência nº 01/07 - precedeu a celebração do contrato nº 001/2007/Conaltosol - o conselheiro entendeu ser coerente o argumento de que ele foi não  responsável pelos resultados da concorrência, uma vez que teria sido afastado logo após a publicação da concorrência, quando assumiu Orlando Augusto Vieira de Mattos Júnior, “a quem caberia o ônus de verificar se todas as etapas necessárias à continuidade do certame estavam sendo cumpridas conforme os preceitos no Estatuto das Licitações”, argumentou o  conselheiro. Ele também não aceitou a tese de João Braga Dias de que não presidia o Consórcio Intermunicipal. Para o conselheiro, essa informação “padece de credibilidade”, uma vez que sequer houve comprovação de que não seria mais o responsável pela Sociedade de Municípios à época em que foi notificado pelo Tribunal de Contas. O conselheiro conclui que a Sociedade Intermunicipal se encontra destoante dos preceitos da Lei federal nº 11.107/05 que estabelece normas gerais sobre consórcios públicos.